CT与MRI都是当今先进的医学影像检查手段，因其成像原理不同，故运用于临床也有不同的适用范围。

一、在中枢神经系统，CT在急性脑出血、蛛网膜下腔出血优于MRI，MRI在亚急性脑出血、脑梗塞、脑血管畸形、脑占位病变等方面优于CT。

二、在胸部，因肺组织含大量无MRI信号的气体及呼吸、心脏搏动的运动伪影干扰，故CT检查优于MRI。

三、在腹部，因呼吸及肠道蠕动引起的运动干扰，故胃肠道检查CT优于MRI，但实质性脏器如、肝、脾、肾、胰腺占位病变的检查，MRI优于CT，特别是随着MRCP、MRU技术的成熟，MRI可以在不注射人工对比剂的情况下显示胰胆管及输尿管。

四、在脊柱，脊椎骨骼的骨折显示方面螺旋CT通过三维重建技术优于MRI，而脊髓病变的检查，MRI优于CT。由于MRI可以直接显示椎间盘，故临床常见的椎间盘突出的检查，MRI优于CT。

五、在骨关节方面，骨骼病变尤其是骨折的检查CT检查优于MRI。但早期骨质破坏如骨肿瘤早期检查MRI优于CT。软组织检查则MRI有较大优势，关节肌腱、韧带、软骨、半月板的损伤均可通过MRI直接显示。

六、值得一提的是，由于MRI检查用时较长并有较高的制动要求，所以一些急性病人及危重病人或狂躁、酒醉等难以制动的病人不适宜进行MRI 检查。

综上述，CT与MRI检查目前不可以互相取代，在临床诊断病情时两种手段都应该相互补充、相互印证，不可偏废。